退役后的马加特并未离开足球，他于1995年开始担任教练，执教汉堡云达不莱梅法兰克福和斯图加特，期间取得显著成就他在斯图加特的执教尤其出色，带领球队在2003年进入欧冠16强，并在20082009赛季带领沃尔夫斯堡赢得德甲冠军，2009年转投沙尔克04后也带来了联赛亚军然而，2016年3月，马加特在沙尔克04的执教遭遇挫折，球队排名不佳，他随后被沙尔克04解雇仅仅一天后，他便转投前东。